Структура Полтавського міського клінічного пологового будиноку включає в себе 9 структурних підрозділів:

1. пологове відділення;
2. відділення спільного перебування матері та дитини та неонатольного догляду;
3. відділення інтенсивної терапії новонароджених;
4. анестезіологічне відділення;
5. відділення патології вагітних;
6. гінекологічне відділення;
7. жіноча консультація;
8. клініко-діагностична лабораторія із бактеріологічним відділом;
9. відділення ультразвукової діагностики.

Також Пологовий будинок в своїй структурі має власні харчо-блок, дезінфекційну камеру, пральню, кисневу станцію, гараж тощо.